Informatique
14 février 2008
Midi-Pyrénées
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EXPERIENCE
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Mars 2007 à février 2008:
Chef de projet en Informatique de Recherche.
Institut de Recherche Pierre-Fabre.
- Analyse et conception d’applications et de portails d'accès aux données chimiques et biologiques pour divers services de recherche (Chimie, Criblage pharmacologique, Oncologie, Bioinformatique, ADMET, …) avec Pipeline Pilot (Webports).
- Association de données chimiques avec des données issues de HTS.
- Conception et alimentation d’une base de données originale sur les substances naturelles.
- Intégration de l’algorithme d’alignements COBALT dans Pipeline Pilot (Composants)
- Mise à jour de banques de séquences avec BioMaj.
- Formation et assistance des utilisateurs sur ces outils.
Langages : Perl, PilotScript, SQL, Html, Javascript, Visual Basic.
SGBD : Oracle, MySQL. Outils utilisés: PhpMyAdmin, SQLDevelopper.
Informatique Scientifique: Pipeline Pilot, ActivityBase, Bases de données structurales, ISISDraw, DS Visualizer, ClustalW, COBALT, BioMaj.
Sept. 2004 à Février 2007:
Ingénieur en Bioinformatique.
Société Novaleads.
- Evaluation des besoins et installation du parc informatique de la société.
- Conception et mise en ligne du site Internet de la société (http://www.novaleads.com).
- Développement d’une chaîne de traitement de données biologiques (biochimie structurale). Gestion de structures de données complexes.
- Développement d’un logiciel d’analyse statistique de spectres de fluorescence et association à un logiciel open-source d’analyse d’images.
- Conception et mise en production d’une base de données relationnelle sur les interactions moléculaires
Langages : Html, Dtml, Javascript, Perl orienté objet, Bioperl, SQL, Php, Visual Basic.
SGBD : MySQL. Outils utilisés: DbDesigner 4.0, PhpMyAdmin.
Informatique Scientifique: PDB, ClustalW, VMD, logiciels internes de chemoinformatique, ImageJ, WinSpec
Fin 2003 (1 mois ½):
Assistant Ingénieur en Bioinformatique à l’Institut de Génétique Humaine.
CNRS Montpellier.
- Tests qualités sur la base de données PRIMER-DB (http://imgt.cines.fr).
- Annotations de séquences génétiques (amorces d’immunoglobulines et récepteurs T).
2003 (6 mois):
Ingénieur stagiaire (DESS).
Société Novaleads & IPBS (Toulouse).
- Installation, configuration, mise à jour de logiciels bio-informatiques.
- Conception et développement d’une banque de données de complexes protéine-ligand.
Système : Linux. Langage : Perl. Logiciel bioinformatique : ClustalW
1996 (2 mois):
Responsable logistique pour la simulation d'une expérience spatiale destinée à une mission de la navette spatiale américaine.
"Kennedy Space Center" de la NASA – Floride.
- Définition des besoins matériels pour une future expérience embarquée.
- Vérification des procédures expérimentales.
Résultats : Publication dans ESA 56-1222 “Biorack on spacehab : Biological experiments on three shuttle to Mir missions”
1995-96 (6 mois):
Stagiaire DEA.
CHU de Rangueil (Toulouse) & NASA.
Sujet de recherche: "Effets de la micropesanteur sur la translocation et l'activité kinase de la protéine kinase C".
Résultats : Publication dans FASEB J. 13 (Suppl.), S23-S33.
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FORMATION
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2002-03: DESS de BIOINFORMATIQUE
Université de Montpellier II.
Matières apprises :(2/3) informatique : Systèmes (Unix/Windows), programmation objet (JAVA, Perl, production d'interfaces graphiques), bases de données (SQL, Oracle), algorithmique (graphes, modèles de Markov, programmation dynamique), analyse de données. (1/3) informatique scientifique: Information biologique (bases de données biologiques), génomique (annotation des génomes), analyse de séquences (BLAST, FASTA, CLUSTAL), phylogénie, structures (PDB), aspects juridiques et éthiques.
1998-99: Diplôme d’Université de Biologie, Physiologie et Médecine spatiale.
Université Paul Sabatier (Toulouse III)
1995-97: DEA – Adaptations et survie en environnements extrêmes.
Université de St. Etienne
Option "Mécanismes de survie en situation vitale critique".
1994-95: Maîtrise ès Sciences Naturelles. Université Paul Sabatier (Toulouse III)
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LANGUES ETRANGERES
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Espagnol : courant - Diplôme Universitaire de Langue Scientifique en Espagnol – 1993
Anglais : bon en milieu professionnel. Nombreux voyages dans des pays anglophones ou anglophiles.
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INTERETS & VIE ASSOCIATIVE
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Activités pédagogiques: Surveillant d’externat - Maître d’internat en collège et lycée de 1993 à 2000.
Suivi personnalisé des élèves. Bonne connaissance de l’organisation d’un établissement scolaire mais aussi de l'administration régionale (rectorat).
Bénévolat aux "Restos" du cœur: Saisons 1999 à 2001
Responsable d'équipe – Gestion des stocks et supervision de la distribution.
Voyages: Grèce (1994), Irlande (1995), Canada (1998), Malaisie (1999), Singapour (2000), Indonésie (2001), Guatemala (2002), Tanzanie (2005), Etats-Unis (2006), Madagascar (2007 – Mission humanitaire).
Modélisme: Thèmes : Science-fiction et aéronautique.
Sports: VTT, Raquettes à neige, badminton.
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