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Biométrie/ Biostats

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Ingénieur en Biostatistiques
Catégorie :

Biométrie/ Biostats

Date de dernière mise à jour :

8 janvier 2014

Lieu :

Midi-Pyrénées

CV :

FORMATION

- Déc. 2012 : Formation « Logiciel R : fonctions avancées » organisée par l’INSERM (31)

- Oct. 2009 : Formation « Université d’été des Statistiques » organisée par Sigma Plus au Croisic (44)

- 2005/2006 : Master II Professionnel Biostatistiques et Modélisations mention B à l’Université Paul Sabatier III à Toulouse (31)

- 2004/2005 : Master I Biologie des Peuplements et des Ecosystèmes option Biostatistiques mention AB à l’Université Blaise Pascal à Clermont-Ferrand (63)

- 2003/2004 : Licence Biologie des Organismes mention AB à l’Université Blaise Pascal à Clermont-Ferrand (63)

- 2003 : Diplôme d’Expérimentation Animale (niveau II)

- 2001/2003 : DUT Génie Biologique option Analyses Biologiques et Biochimiques à l’Institut Universitaire de Technologie des Cézeaux à Clermont-Ferrand (63)

- 2001 : Baccalauréat Scientifique spécialité Biologie au lycée Virlogeux à Riom (63)



EXPERIENCES PROFESSIONNELLES ET QUALIFICATIONS

- Fév. 2007-Déc. 2012 : Ingénieur d’Etude en Biostatistiques (I2MC, Equipe 4, Laboratoire de Recherche sur l’Obésité, INSERM) à Toulouse (31) spécialisé dans les études cliniques et les analyses à haut-débit

- Mars à Août 2006 : Stage au laboratoire des Xénobiotiques (UMR 1089, INRA) à St-Martin-du-Touch (31) : « Caractérisation métabonomique, biochimique et transcriptomique de l’initiation du carcinome hépatocellulaire. Etablissement des liens canoniques sous-tendus »

- Mars à Août 2005 : Stage au laboratoire de Biologie des Protistes (CNRS) à Clermont-Ferrand (63) : « Etude de la diversité spécifique des picoeucaryotes planctoniques dans un écosystème lacustre, approches moléculaire et phylogénétique »

- Avril à Juin 2003 : Stage au laboratoire d’Immunologie à la faculté de médecine de Clermont-Ferrand (63) : « Application d’une technologie l’UNICAP, études comparatives sur les auto-anticorps anti-nucléaires et sur la sensibilisation aux pneumallergènes »



COMPETENCES INFORMATIQUES, STATISTIQUES ET BIOLOGIQUES

* Outils biostatistiques et bioinformatiques:

- Logiciels de programmation et spécialisés dans l’-omic: R-Gui, S-Plus, SIMCA-P, SAS, TIGR Multiple experiment Viewer (MeV), Ingenuity Pathway Analysis, GSEA, SignalP, Cluster, Eisen Software, EDGE, Genomespace tools, GenEx

- Logiciels de statistiques classiques:
SPSS, GraphPad Prism, Minitab, Matlab

- Outils spécialisés dans l’ontologie et les informations biologiques / bioinformatiques: Panther, DAVID, AmiGO (Gene Ontology), Pathway Explorer, KEGG, Reactome, GenMAPP, Advanced Pathway Painter, VisANT, Cytoscape, NCBI, NextBio, SOURCE, ARB package, Bioedit

* Méthodes statistiques:

Plan d’expériences (Calcul nombre de sujets) - Normalisation et filtration des données (Limma/Bioconductor) – Vérification des conditions statistiques – Prétraitements des données (biais, log2, centrage-réduction) – Imputation des NAs – Analyses exploratoires multidimensionnelles ou non (Distribution, Boxplot, ACP) – SAM – Classifications non supervisées (Hiérarchique, K-means) – Rééchantillonnage (Bootstrap, Validation Croisée) – Méthode supervisée (Analyse discriminante PLS-DA) – Méthodes de régression linéaire multiple (PLS1, PLS2, régression hiérarchique) – Analyses de variance (à 1 ou plusieurs facteurs, à mesures répétées, modèle mixte, par permutation) et de covariance avec R avec correction des faux positifs – Comparaisons multiples/Post-hoc – Diagrammes de Venn – Analyses de corrélation (Pearson/Spearman) – Tests statistiques classiques paramétriques et non paramétriques pour données quantitatives et qualitatives – Centroids – Analyses d’Association (modèle log-additive) – Analyses de survie (estimation de Kaplan-Meier) – Analyses de réseaux (sparse LASSO-méthode bayésienne-WGCNA) – Arbres Phylogénétiques (méthode bayésienne/ neighbour joining)

* Technologies biologiques:

Extraction (Qiagen®) – Qualité et quantité d’ARN (Nanodrop® et Experion Biorad®) – Puces à ADN (Agilent®, Sanner GenePix 4000B/ INNOSCAN 700®, Feature Extraction 8.5 d’Agilent/ Mapix V3.02 d’Innopsys) – qPCR à faible et haut débit (Méthode Taqman et SybrGreen (ABI 7500 Fast® puis Stepone+®), cartes microfluidiques (ABI PRISM 7900®, Fluidigm®) – Génotypage SNP à haut débit (Illumina® iScan 550 Genotyping System) – Clonage-Séquençage (TOPO-TA cloning kit par Invitrogen® / MWG Biotech).

* Bureautique:

Word, Excel, PowerPoint et Access (Niveau très avancé)



COOPERATIONS/PARTENARIATS ET PARTICIPATIONS

* Coopérations / Participations régionales et nationales:

-Participation au Congrès « Genomics on Obesity course » en Juin 2007 (31)

- Genotoul – Plateforme de Biostatistiques
Juillet 2007 : Présentation « Partial Least-Squares (PLS) - principe et application à partir d'un exemple avec les données du protocole longitudinale PCOS »

- Génopole Toulouse – Plateforme Transcriptomique Quantitative
Juin 2009 : Présentation « Stratégie statistique de données obtenues en qPCR à haut-débit par la technologie Fluidigm® sur des échantillons confiés par différentes équipes de l’IFR »

-Laboratoire « Réseau Vasculaire, Cellules Progénitrices et Cellules Immunitaires du Tissu Adipeux » (I2MC, Equipe 1 dirigée par A. Bouloumié) : Détermination de biomarqueurs génomiques des différents types cellulaires du tissu adipeux (2010)

- INNOPSYS (Carbonne) : Réalisation du script R pour le logiciel Mapix® (2010)

- University of Nice Sophia Antipolis, UFR Sciences, Nice : Relation miRNA-mRNA à partir de cellules souches adipeuses (hMADS) (2012)

* Coopérations internationales:

-Laboratoire franco-tchèque de recherche clinique sur l'obésité (Laboratoire Européen Associé Inserm et Université Charles, Prague)

- Projets Européens:
=> ADAPT (Adipokines as Drug Targets to Combat Adverse
Effects of Excess Adipose Tissue): www.adapt-eu.net

=> DioGenes (Diet, Obesity and Genes): www.diogenes-eu.org

=> Hepadip (Hepatic and adipose tissue functions in the metabolic syndrome): www.hepadip.org : Meeting à Lilles en 2007 et à Helsinki (Finlande) en 2008

* Partenariats industriels: Glaxo SmithKline Beecham (GSK) : Analyses statistiques de gènes candidats (2010-2011)



PUBLICATIONS

1. Proteasome activity deregulation in LEC rat hepatitis: following the insights of transcriptomic analysis. OMICS. 2007

2. The molecular diversity of freshwater picoeukaryotes reveals high occurrence of putative parasitoids in the plankton. PLoS One. 2008

3. Macrophages and adipocytes in human obesity: adipose tissue gene expression and insulin sensitivity during calorie restriction and weight stabilization. Diabetes. 2009

4. Adipose tissue transcriptome reflects variations between subjects with continued weight loss and subjects regaining weight 6 mo after caloric restriction independent of energy intake. Am J Clin Nutr. 2010 Oct

5. Worsening of obesity and metabolic status yields similar molecular adaptations in human subcutaneous and visceral adipose tissue: decreased metabolism and increased immune response. J Clin Endocrinol Metab. 2011

6. Impact of a mechanical massage on gene expression profile and lipid mobilization in female gluteofemoral adipose tissue. Obes Facts. 2011

7. Macrophage gene expression is related to obesity and the metabolic syndrome in human subcutaneous fat as well as in visceral fat. Diabetologia. 2011 Apr

8. The impact of obesity on secretion of adiponectin multimeric isoforms differs in visceral and subcutaneous adipose tissue. Int J Obes (Lond). 2011 Dec

9. Multiple effects of a short-term dexamethasone treatment in human skeletal muscle and adipose tissue. Physiological Genomics. 2012 Feb

10. Inhibition of Adipose Tissue Lipolysis Improves Glucose Metabolism and Insulin Sensitivity without Alteration of Fat Mass. PLoS Biol. 2012

11. Determinants of human adipose tissue gene expression: impact of diet, sex, metabolic status and cis genetic regulation. PLoS Genet. 2012



DIVERS

-Anglais parlé, lu et écrit
-Titulaire du Permis B
-Chanteuse et percussionniste dans des groupes musicaux de jazz-funk
-Trésorières d’associations musicales.


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