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11 février 2010

DNAVision se prépare au séquençage intégral

Créée en 2004 avec l'objectif de devenir un centre de référence pour les analyses génétiques en Europe, la biotech belge DNAVision entre maintenant dans l'ère du séquençage intégral. « Notre objectif est d'introduire les instruments du séquençage individuel pour augmenter la valeur prédictive des marqueurs dans les maladies chroniques », explique Laurent Alexandre qui préside aux destinées de la société depuis janvier après avoir fondé Medcost et le site internet santé grand public français Doctissimo cédé voici deux ans au groupe Lagardère.

Vers un séquençage à 100 $

Alors que le premier séquençage des quelque trois milliards de bases d'un génome humain initié en 1990 a nécessité près de quinze ans de travaux dans près d'une quinzaine de centres de recherche aux Etats-Unis, en Europe, en Chine et au Japon pour un coût de trois milliards de $, soit un dollar par base séquencée, l'accélération des capacités de séquençage, consécutive notamment à la compétition entre les trois acteurs majeurs du secteur, les américains Applied BioSystems et Illumina et le suisse Roche, se traduit par une diminution très rapide des coûts. Au-delà des services d'identification de marqueurs génétiques de prédisposition à certaines pathologies proposés par l'islandais deCODE Genetics ou les américains Navigenics et 23andMe, c'est ainsi une réalisation rapide des analyses de génomes individuels qui est dorénavant à notre portée (voir BioPharmaceutiques n°43). « Le coût du séquençage individuel devrait être de l'ordre de 100 $ à la fin de la décennie. D'ici 2020, le médecin aura accès, dans son cabinet, au séquençage intégral de ses malades. La question est de savoir comment l'aider à gérer les trois milliards d'informations ainsi induites », explique Laurent Alexandre. Ce cas de figure implique une organisation et une hiérarchisation des données pour discriminer les informations importantes de celles qui ne le sont pas. De nombreuses questions, en particulier éthiques, vont se poser aux praticiens, s'il devient possible de savoir très tôt si un individu a des prédispositions à un cancer ou à d'autres pathologies telles que la maladie de Parkinson. « C'est un vrai problème. Une fois connue l'existence d'une prédisposition à une maladie qui surviendra plus tard dans la vie du patient, doit-on lui dire quand on n'a pas de traitement préventif ou curatif ? Comment gère-t-on ces situations ? Ce sera à mon avis la tâche la plus noble du médecin. Il s'agit d'une vraie rupture par rapport à la pratique du passé », estime le président de DNAVision.

Nouveaux locaux et nouveaux matériels

Laurent AlexandrePour assurer cette transition d'une médecine centrée sur le traitement d'épisodes pathologiques aigus à une médecine plus personnalisée et orientée vers la prévention, la stratégie de DNAVision se concentre sur le développement de systèmes expert permettant aux médecins de se repérer dans le « déluge » d'informations ainsi générées. « Les praticiens auront besoin d'outils intuitifs pour pouvoir traiter ces données, les aider dans le genome disease management et réaliser l'interface avec les futurs dossiers médicaux », relève Laurent Alexandre. Dans cette optique, DNAVision est ainsi entrée dans une nouvelle phase de développement, avec le doublement des surfaces de son implantation à Gosselies au sein du Biopark de Charleroi qui abrite instituts de recherche, spin-off issues de l'Université libre de Bruxelles ainsi que le pôle de compétitivité santé de Wallonie, Biowin (1). La société s'est ainsi dotée de cinq nouvelles zones de laboratoires pour la culture cellulaire et l'extraction d'acides nucléiques et vient de faire l'acquisition de la toute nouvelle plate-forme de séquençage à très haut débit, HiSeq 2000® dont l'américain Illumina a débuté la commercialisation mi-janvier. Alors que DNAVision devient la première société belge et la deuxième entreprise européenne après l'allemand GATC Biotech à se doter de cet appareillage capable de générer 25 Gigabases de données par jour, on relèvera que la commande la plus importante reçue par Illumina émane du chinois BGI, situé à Shenzehn. Précédemment connu sous le nom de Beijing Genomics Institute, BGI a acquis 128 de ces systèmes de séquençages HiSeq 2000. Ceux-ci seront installés dans son nouveau centre génomique ouvert en mars 2009 à Hong Kong, Beijing Genomics Institute-Hong Kong (BGI-HK), avec lequel DNAVision a noué une alliance en novembre dernier afin de renforcer ses positions dans le domaine du séquençage et de l'analyse des données du séquençage. Enfin, la société belge qui compte aujourd'hui 20 personnes va augmenter sa force commerciale et ses effectifs affectés au séquençage avec le recrutement de biologistes moléculaires, de généticiens et de bioinformaticiens.

(1) Les instituts présents sur le Bioparc sont l'Institut de biologie et de médecine moléculaires (IBMM), l'Institut de recherche interdisciplinaire en biologie humaine et moléculaire (IRBHM) et l'Institut d'immunologie médicale (IMI). Outre DNA Vision, les spin-off issues de l'Université libre de Bruxelles et présentes sur le site du Biopark Charleroi Bruxelles South sont Aliwen (physiologie végétale), Bone Therapeutics (produits de thérapie cellulaire pour le traitement et la régénération du tissu osseux), BV Transgenics Services (développement de modèles animaux), Delphi Genetics (sous-traitance en biologie moléculaire), Euroscreen (R&D et services à façon sur les récepteurs aux protéines G et autres cibles thérapeutiques) et Henogen (bioproduction) devenue depuis l'été dernier propriété du français Novasep (voir BioPharmaceutiques n°114).